Integrado nos princípios da Fertagus para uma Mobilidade Sustentável o Sistema Integrado de Gestão implementado na Fertagus adota as melhores práticas de gestão nomeadamente os requisitos subscritos pelos referenciais EN NP ISO 9001, OSHAS NP 18001, EN NP ISO 14001 e diretiva segurança 2004/49/CE
O reconhecimento desta pratica iniciou-se com a certificação do seu Sistema de Gestão de Qualidade, atribuído pela APCER em novembro de 2002, de acordo com os requisitos da norma NP EN ISO 9001:1995, constituindo a Fertagus como a primeira empresa de Transportes Públicos de passageiros globalmente certificada para:
Em Maio de 2007 a Fertagus obteve a certificação do Sistema de Gestão da Segurança e Saúde do Trabalho, atribuído pela APCER, de acordo com o referencial OSHAS 18001:2007 / NP 4397:2008
Em Maio de 2007 obteve o 1º certificado Segurança ferroviária ao abrigo do DL 270/2003.
A Fertagus obteve a certificação do seu Sistema de Gestão Ambiental, atribuído pela APCER em abril de 2013, de acordo com os requisito da norma NP EN ISO 14001:2012.
A Fertagus encontra-se Licenciada para exercer o serviço de transporte ferroviário de passageiros urbanos e suburbanos ao abrigo do Decreto-Lei n.º 270/2003, de Outubro, alterado pelos Decretos-Leis nº 0 231/2007, de 14 de Junho, alterado e republicado pelo DL 151/2014 de 13 de Outubro, DL 20/2010, de 24 de Março, DL 62/2010, 9 de Junho, e 27/2011, de 17 de Fevereiro.
Em caso de emergência deve: